Сегодня экологическая обстановка в Краснодаре достаточно напряженная, возникают все новые и новые экологические проблемы. Особую актуальность приобретает проблема загрязнения воздушного бассейна автотранспортом. В районах крупных автомагистралей города отмечается превышение допустимой нормы по содержанию углеводородов, оксида углерода, двуоксида азота – от 1.5 до 7 раз. И этому есть логичное объяснение: на конец 2015 – начало 2016 года г. Краснодар занимает 1 место в стране по количеству автомобилей на душу населения, обгоняя Москву и Санкт-Петербург. На 1000 горожан в городе приходится в среднем 437 автомобилей. В Москве-417 автомобилей. В период значительных осадков устаревшие ливнёвки не справляются с нагрузкой, и город стоит в многокилометровых пробках. Один автомобиль среднего класса ежегодно сжигает более 150 кг кислорода, а выбросы в атмосферу составляют почти 3 кг оксида серы и порядка 100 кг углеводородов и оксида азота. В летний период для городской экологии немаловажную роль играет транзитный транспорт, направляющийся на побережья двух морей. В это время автомобильный поток составляет порядка 2 миллионов машин.
Отмечается высокий уровень загрязнения атмосферного воздуха над территорией города, который создается за счет выбросов от объектов тепло-электроэнергетики, предприятий нефтехимической, нефтеперерабатывающей, а также топливной промышленностей. В центральной части города содержание в воздухе двуоксида азота и оксида углерода в 1.5-2 раза выше, чем в других районах. Это объясняется постоянным поступлением в центр города выбросов указанных выше предприятий, находящихся на окраинах города при преобладающих западных, северо-восточных и восточных ветрах. Наибольшее загрязнение испытывает промышленная зона города. Уровень загрязнения воздуха значительно выше среднего по стране, особенно веществами: бензапиреном, формальдегидом, фенолом, пылью, двуоксидом азота. Значительное загрязнение происходит в результате нарушения технологических режимов, неэффективности и неисправности пылеулавливающего и газоочистного оборудования.
Высокую антропогенную нагрузку продолжают испытывать водные объекты города. Из-за нерадивости и часто преступной деятельности человека огромное количество тонн химических соединений таких, как ртутный метил, попадают в водную среду, нанося непоправимый вред флоре и фауне. Сейчас в воде в несколько раз превышены предельно допустимые концентрации таких вредных веществ, как соединения меди, железа, нефтяных углеводородов, нитратов, в результате чего нарушается газовый режим и кормовая база водоемов.
В последние годы г. Краснодар славится также быстрыми темпами развития в сфере строительства. Этот фактор положительно влияет на экономику города, однако оказывает большое негативное влияние на экологию. Острейшей проблемой остаётся обезвреживание и утилизация отходов. Отходы размещаются в основном на открытых площадках, которые практически не отвечают требованиям природоохранного законодательства.