В Саратовском государственном аграрном университете (Саратовском ГАУ) исследования по генетике подсолнечника возобновились в 1993 г. с приходом в университет генетика кандидата биологических наук (в последствие доктора сельскохозяйственных наук, профессора, академика РАЕ) Лобачева Юрия Викторовича. На первом этапе была поставлена задача поиска у подсолнечника генов, контролирующих морфологические признаки, которые можно было бы использовать в качестве маркерных в селекционно-генетических работах по подсолнечнику. Исследования проводились совместно с сотрудниками отдела селекции и семеноводства масличных культур НИИ сельского хозяйства Юго-Востока, руководимого кандидатом (в последствие доктором) сельскохозяйственных наук Пимахиным В.Ф.
Доноры нужных признаков искали среди коллекции ВИР, коллекции отдела селекции, семеноводства и агротехники масличных культур НИИ сельского хозяйства Юго-Востока РАСХН, а также в посевах подсолнечника в хозяйствах Саратовской области (естественные мутанты). Затем проверяли, как наследуются у подсолнечника выявленные нужные признаки, после чего доноры с наследуемыми признаками использовали для создания генетической коллекции. В качестве базового генотипа использовали самофертильную линию ЮВ-28Б. В эту линию методом возвратных скрещиваний (беккроссов) переносили гены, отвечающие за развитие какого-либо морфологического признака. Для изучения влияния некоторых генов создавали наборы почти изогенных линий (шесть беккроссов) или линий-аналогов (четыре беккросса). Далее эти наборы линий использовали в генетических исследованиях для определения характера наследования маркерного признака и его влияния на урожайность и качество семян и масла у подсолнечника [1–2].
За период с 1993 по 2016 гг. были изучены гены, контролирующие окраску и форму язычковых цветков, высоту растения, эректоидный тип листьев у подсолнечника.
Было показано, что гены l, la, o, pa, cr и их попарные сочетания, контролирующие разную окраску язычковых цветков, не оказывают негативного влияния на урожайность и качество семян и масла у подсолнечника и могут быть использованы в качестве маркерных генов в селекционно-генетических работах по подсолнечнику [3]. Было проведено хромато-масс-спектрометрическое определение состава красящих пигментов язычковых цветков подсолнечника [4–6]. Был получен патент № 2377556 на изобретение «Способ установления отличительных признаков в химическом составе моногенных линий подсолнечника».
Проведено изучение наследования генов fs, ft, fm, ftw, контролирующих нестандартную форму язычковых цветков у подсолнечника. Установлено, что эти гены не оказывают негативного влияния на урожайность и качество семян и масла у подсолнечника и также могут быть использованы в качестве маркерных генов в селекционно-генетических работах по подсолнечнику [7–10].
Были изучены четыре гена генетической системы Er, контролирующие четыре типа эректоидности листьев у подсолнечника. Изучено наследование признаков эректоидности листьев в верхнем, среднем и нижнем листовых ярусах у подсолнечника. Было показано, что изученные четыре типа эректоидности листьев не оказывают негативного влияния на урожайность и качество семян и масла у подсолнечника и также могут быть использованы в качестве маркерных генов в селекционно-генетических работах по подсолнечнику [11–12].
Изучены семь генов генетической системы dw, контролирующие снижение высоты растений подсолнечника на 35–50 %. Было показано, что гены dw 1, dw 3 и dw 4 не не оказывают негативного влияния на урожайность и качество семян и масла у подсолнечника и также могут быть использованы в качестве маркерных генов в селекционно-генетических работах по подсолнечнику [13–14].
Были получены линии подсолнечника с высоким содержанием 73–86 % олеиновой кислоты в масле [15].
Изучены некоторые аспекты влияние разных генов на процессы культивирования клеток и тканей подсолнечника in vitro. Определены параметры влияния генов, контролирующих окраску язычковых цветков и высоту растений на выход морфогенного каллуса и регенерацию зеленых растений [16–19].
Был создан исходный материал для селекции сортов и гибридов подсолнечника с применением маркерных генов. Также под научным руководством профессора Лобачева Ю.В. были подготовлены и успешно защищены пять диссертаций на соискание ученой степени кандидата биологических (Константинова Е.А. и Курасова Л.Г.) и сельскохозяйственных (Барнашова Е.К., Коваленко А.В., Кудряшов С.П.) наук.
К столетнему юбилею селекционно-генетических исследований по подсолнечнику в Саратове в 2012 г. в Государственный реестр селекционных достижений, допущенных к использования в России, были включены два сорта декоративного подсолнечника Ореол и Радуга, созданные совместно сотрудниками ФГБНУ НИИСХ Юго-Востока и Саратовского ГАУ. Оба сорта запатентованы.