Музей кафедры анатомии начал свое существование в 1932 со времени основания Архангельского государственного медицинского института и является неотъемлемой частью кафедры. В музее постоянно ведётся работа, отражающая научно-исследовательскую деятельность преподавателей кафедры и студентов. В настоящее время музей несёт колоссальную нагрузку, используется как для чтения лекций и проведения практических занятий, так и для самостоятельной работы студентов. Он является базой для совершенствования знаний студентов старших курсов, повышения квалификации врачей, подготовки учащихся лицеев к олимпиадам. Музей служит для широкой популяризации знаний о строении тела человека учащихся города и области, для профориентации школьников.
Основной фонд анатомического музея составляют натуральные анатомические препараты по всем разделам анатомии, расположенные в витринах. Всего насчитывается около 600 экспонатов (сухие и влажные анатомические препараты, муляжи, модели, стенды, картины). К каждому препарату имеется экспликация на латинском и русском языках. Большой раздел составляют экспонаты по развитию человека, возрастной анатомии, тератологии, экспозиция органов, изменённых при заболеваниях и патологических состояниях. В связи с тем, что в музее активно проводится санпросвет работа, экскурсии по пропаганде здорового образа жизни, профориентации школьников, была расширена экспозиция по тератологии, которая отражает экологическую и социальную нагрузку на организм человека в условиях Северного региона.
В музее имеется экспозиция, посвященная профессору И.Н. Маточкину, в которой представлено, завещанное, им сердце, портрет и материал, отражающий его деятельность на кафедре анатомии.
Усилиями преподавателей кафедры и студентов фонд препаратов музея постоянно пополняется и реставрируется, что дает возможность студентам более детально изучить наиболее интересующие и сложные темы и разделы анатомии.
В настоящее время происходит смещение акцентов процесса обучения студентов медицинских вузов с аудиторной на самостоятельную познавательную деятельность; организация и включение студентов в поисково-исследовательскую и творческую деятельность в рамках образовательного процесса. Обучение преобразуется в сознательный процесс формирования и развития своих способностей, путём самоорганизации своей познавательной деятельности, и овладения навыками самообразования. В связи с этим роль анатомического музея на всех этапах обучения студента очень велика, работа в музее активизирует познавательную деятельность студентов, способствует мотивации к изучению анатомии человека.
Таким образом, анатомический музей играет значительную роль на всех этапах современного обучения студента, способствуя формированию у студентов общекультурных и профессиональных компетенций, создавая возможности для реализации государственного образовательного стандарта по основным врачебным специальностям.